Bierhoff chơi cho chín câu lạc bộ khác nhau, trong bốn giải đấu khác nhau. Anh đã ghi được tổng cộng 103 bàn thắng tại Serie A, một trong những cầu thủ không phải người Ý ghi nhiều bàn thắng nhất trong lịch sử của giải đấu. Trong mùa giải 1997-1998, anh là vua phá lưới Serie A với 27 bàn thắng cho Udinese.Tuy nhiên Bierhoff không bao giờ là một thành công ở Bundesliga. Sau khi không tỏa sáng ở Đức, anh đã có cơ hội của mình tại Bundesliga Áo. Điều đó đã cho anh cơ hội tại Ascoli ở Ý. Nhưng đó là tại Udinese, dưới thời Alberto Zaccheroni, Bierhoff tìm thấy thành công ở cả câu lạc bộ và đội tuyển quốc gia Đức. Sau đó anh chuyển đến Milan vào năm 1998, và đạt danh hiệu Serie A trong mùa giải đầu tiên của mình ở đó. Sau ba mùa giải đó, anh chuyển tới giải Pháp Ligue 1 thi đấu cho Monaco vào năm 2001 trong một năm, trước khi trở lại Serie A để chơi cho Chievo Verona, nơi anh giải nghệ vào cuối mùa giải 2002-03. Trong trận đấu cuối cùng của mình, anh đã ghi một hat-trick cho Chievo Verona trong trận thua 3-4 trước Juventus.